ส่วนจัดการต้นน้ำ สังกัดสำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 6 (สงขลา) จัดตั้งครั้งแรกมีฐานะเป็นกลุ่มชื่อ 

กลุ่มจัดการต้นน้ำ ขณะนั้นอยู่ในสังกัด สำนักบริหารจัดการในพื้นที่อนุรักษ์ 20   ต่อมาได้มีกฎกระทรวง

แบ่งส่วนราชการ กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช  กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

พ.ศ. 2547 แบ่งส่วนราชการกรมอุทยานแห่งชาติ ฯ ใหม่ ได้มีการยกเลิกชื่อสำนักบริหารจัดการในพื้นที่อนุรักษ์ 20

เปลี่ยนชื่อเป็น สำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 6  จากนั้นกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช  ได้มีคำสั่ง

ให้กำหนดหน่วยงานภายในขึ้น โดยให้จัดตั้งส่วนจัดการต้นน้ำอยู่ในสังกัดสำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ และเริ่ม

ปฏิบัติงาน เมื่อวันที่ 1 เมษายน 2548

อำนาจหน้าที่ และ โครงสร้างการบริหารงาน

หน้าที่ความรับผิดชอบของส่วนจัดการต้นน้ำตามคำสั่งกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช

ที่ 221/2548  ลงวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548  เรื่อง กำหนดหน่วยงานภายในและหน้าที่ความรับผิดชอบ

ของส่วนราชการ ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืชมีดังนี้

1) กำหนดแผนปฏิบัติการ และประสานการจัดทำแผนด้านการบริหารจัดการต้นน้ำระหว่าง

    หน่วยงานส่วนกลาง กับหน่วยปฏิบัติในพื้นที่

2) ควบคุม ติดตามการดำเนินงานและประสานเพื่อส่งเสริมสนับสนุนงานของหน่วยจัดการต้นน้ำ

    ในพื้นที่รับผิดชอบ 

    โดยมีการแบ่งงาน เป็น  3  ฝ่าย

             - ฝ่ายบริหารทั่วไป

             - ฝ่ายจัดการทรัพยากรต้นน้ำ

             - ฝ่ายส่งเสริมและพัฒนาชุมชนต้นน้ำ 

      มีหน่วยงานในสังกัด  4  แห่ง

             - หน่วยจัดการต้นน้ำคลองบางแก้ว

             - หน่วยจัดการต้นน้ำคลองป่าพรุพ้อ

             - หน่วยจัดการต้นน้ำคลองเทพา

             - หน่วยจัดการต้นน้ำคลองนาทวี

      มีหน่วยงานฝากเบิกสังกัดส่วนกลาง  3  แห่ง

             - หน่วยอนุรักษ์และจัดการต้นน้ำคลองอู่ตะเภา

             - ศูนย์สาธิตการพัฒนาและรณรงค์การใช้หญ้าแฝกด้านป่าไม้ที่ 5 จังหวัดสงขลา

             - สถานีวิจัยต้นน้ำทะเลสาบสงขลา

“ ด้านการอนุรักษ์ ฟื้นฟูต้นน้ำ และระบบนิเวศในพื้นที่อนุรักษ์ให้มีสภาพสมบูรณ์ ”